Rządowym Centrum Legislacji kieruje Prezes przy pomocy wiceprezesów.

Szczegółowy zakres zadań i tryb pracy poszczególnych komórek organizacyjnych określa Regulamin Organizacyjny RCL, według którego w skład Rządowego Centrum Legislacji wchodzą:

• Departament Prawa Administracyjnego,
• Departament Prawa Gospodarczego,
• Departament Prawa Pracy, Rodziny i Infrastruktury,
• Departament Prawny i Postępowań przed Trybunałem Konstytucyjnym,
• Departament Dzienników Urzędowych i Tekstów Jednolitych,
• Biuro Administracyjne,
• Biuro Finansowe

oraz samodzielne stanowisko pracy podległe bezpośrednio Prezesowi RCL: Samodzielne Stanowisko do Spraw Audytu Wewnętrznego.