Rządowym Centrum Legislacji kieruje Prezes przy pomocy wiceprezesów.
Szczegółowy zakres zadań i tryb pracy poszczególnych komórek organizacyjnych określa Regulamin Organizacyjny RCL, według którego w skład Rządowego Centrum Legislacji wchodzą:
- Departament Prawa Administracyjnego,
- Departament Prawa Gospodarczego,
- Departament Prawa Pracy, Rodziny i Infrastruktury,
- Departament Prawny i Postępowań przed Trybunałem Konstytucyjnym,
- Departament Dzienników Urzędowych i Tekstów Jednolitych,
- Biuro Administracyjne,
- Biuro Finansowe
oraz samodzielne stanowisko pracy podległe bezpośrednio Prezesowi RCL: Samodzielne Stanowisko do Spraw Audytu Wewnętrznego.